Die Kreuzotter gilt auf Bundesebene als „stark gefährdet“. In den einzelnen Bundesländern sieht ihre Situation zum Teil noch schlimmer aus. So wird der Bestand in einigen Bundesländern als vom Aussterben bedroht eingeschätzt. Die Gründe dafür sind vielfältig.
Die Kreuzotter benötigt einen sehr speziellen Lebensraum. Vielerorts werden diese immer seltener, was sich in der Folge dramatisch auf ihre Populationsgröße auswirkt. Die Lebensraumansprüche verändern sich mit der geografischen Lage. Ein stückweit breit aufgestellt ist die Kreuzotter also durchaus. Allerdings hat sie, so unterschiedlich ihre Habitate auf den ersten Blick sein mögen, überall praktisch mit den gleichen Problemen zu kämpfen.
Beginnen wir in den Alpen. Hier kommt sie auch oberhalb der Baumgrenze vor und besiedelt Geröll- und Felsfluren. Ebenso ist sie auf alpinen Wiesen anzutreffen. Auch in Zwergstrauchheiden und an Waldrandgebieten lässt sie sich nieder. Abseits der Alpen bewohnt sie im südlichen Teil Deutschlands Flussauen und Blockschutthalden. Außerdem kommt sie als Kulturfolger etwa in Wacholderheiden und Weinbergen vor. In der Mitte Deutschlands stellen vor allem Waldränder und -lichtungen sowie Moore ihre Lebensräume dar. Gleiches gilt für den Norden Deutschlands. Hier sind auch die großflächig vorhandenen Heiden oft besiedelte Orte.
Ein geeigneter Lebensraum für die Kreuzotter ist vor allem strukturreich. Sie benötigt Untergründe, die sich schnell aufwärmen. Hierzu eignet sich zum Beispiel liegendes Totholz, aber auch Torf, trockenes Moos oder Gras. Gleichzeitig benötigt sie aber auch Unterschlüpfe, um sich vor zu hohen Temperaturen zu schützen. Ebenfalls wichtig sind Versteckmöglichkeiten für den Tag. Steinhaufen, Moospolster oder Bauten anderer Arten wie Mäusen werden gerne genutzt. Eine Mischung aus freien, eher sonnigen Stellen und höherer Vegetation, die eher ein feucht-kühles Mikroklima vorhält, nutzt nicht nur der Kreuzotter an sich, sondern auch ihrer Beute. Ganz oben auf ihrem Speiseplan stehen Amphibien wie Frösche, Reptilien wie Eidechsen oder Kleinsäuger wie Mäuse. Alle drei profitieren auf die ein oder andere Art von den Mosaiken des Kreuzotterhabitats.