Getreu ihrem Namen wächst die Wasserminze nicht nur am, sondern sogar im Wasser. Die Art gilt als Nässezeiger. Dabei ist sie nicht auf ein Gewässer oder einen Gewässerrand angewiesen und kommt auch in Wäldern, auf Wiesen und anderen Standorten vor, die ihr ausreichend Feuchtigkeit bieten.
Die Wasserminze ist bestens an ihre unterschiedlichen Lebensräume angepasst. Wächst sie an oder im Gewässer, verbreitet sie sich hauptsächlich über Samen, die sie vom Wasser transportieren lässt. An Land dominiert die vegetative Vermehrung durch unterirdische Ausläufer.
Die filigranen Blüten öffnen sich im Hochsommer und werden bis in den Herbst hinein von nahrungssuchenden Insekten besucht. Da im Herbst die Zahl der blühenden Pflanzen drastisch abnimmt, ist sie gerade in dieser Zeit für viele Insekten von großer Bedeutung.
Doch nicht nur für Insekten ist die Wasserminze wichtig. Zumindest war das so in der Vergangenheit. Denn auch für uns Menschen spielte die schöne Pflanze eine besondere Rolle. Wie das Eisenkraut oder das Echte Mädesüß gehörte auch die Wasserminze zu den heiligen Kräutern der Druiden und fand zum Beispiel als Mittel gegen Verdauungs- und Menstruationsprobleme Verwendung.